Funcionamiento de la app
starting_guide.Rmd0.1 Instalar la app.
La opción recomendada para utilizar la aplicación es descargar el paquete y ejecutarlo localmente. Para ello:
Se recomienda el uso de Rstudio.
Descarga e instala el paquete
famexploreRusando el siguiente código. Este paso solamente es necesario una vez:
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("ajpelu/famexploreR")- Ejecuta la aplicación:
No obstante, también es posible tener instalada la app en un servidor que contenga R-studio y shiny. De forma provisional se muestra un ejemplo aquí.
0.2 Inicializar la app
Una vez instalada, es necesario abrir R-studio y ejecutar el siguiente comando:
1 Funcionamiento
Una vez abierta la aplicación, observamos dos grandes apartados (Figura 1.1):
- Módulo de carga de datos
- Módulo de visualización y resultados
1.1 Módulo de Carga de datos
En este apartado el usuario puede cargar dos tipologías de datos:
Estadillo de campo. El usuario elige el estadillo de campo relleno (en formato
.xlsxu.ods) y se carga en la aplicación.Información espacial. Archivos de información espacial (shapefiles). Es necesario cargar todos los archivos asociados al shapefile (no únicamente el
.shp).
Asimismo, este módulo de carga de datos tiene otra opción para la generación de informes (ver más adelante).
1.2 Módulo de Visualización de datos.
Una vez cargados los dos tipos de datos se visualizan los diferentes datos, tablas, gráficos, índices, etc derivados del procesamiento y análisis de los mismos. Describimos a continuación cada uno de los resultados que se visualizan.
Figure 1.1: Vista de la pestaña Datos generales
1.2.1 Datos generales
En la pestaña datos generales se visualizan los metadatos del formulario, referentes a la población estudiada, la fecha de la visita, especie focal, etc. Un ejemplo de ello puede verse en la Figura 1.2.
Figure 1.2: Vista de la pestaña Datos generales
1.2.2 Localización
En la pestaña localización (Figura 1.3) se muestra un mapa con la localización de la parcela, así como la representación espacial del polígono de la parcela (siempre que se suba el archivo shapefile).
En el mapa desplegado se pueden utilizar diferentes mapas base (seleccionándolo en la zona superior derecha del mapa):
- Ortofoto
- Curvas de Nivel
- Topográfico
- Mapa LIDAR
- Mapa base Asimismo, también se puede ampliar el mapa pinchando en la zona inferior derecha.
Figure 1.3: Vista de la pestaña Localización
1.2.3 Suelos
En la pestaña suelos, se pueden observar dos subpestañas con información de diferentes clases:
- Parámetros físico-químicos y de temperatura y humedad del suelo.
- Diagrama ternario.
En la primera subpestaña (Parámetros) se muestran unos estadísticos con los parámetros del suelo contenidos en el formulario de campo, tal y como se muestra en la Figura 1.4.
Figure 1.4: Vista de la pestaña Parámetros de suelo
Para la temperatura y la humedad, se muestran valores medios y la
desviación estándar y los valores mínimos y máximos. Para el resto de
parámetros se muestran en formato tabla los estadísticos de media,
desviación estándar y error estándar de la media.
En la subpestaña diagrama ternario se muestra una figura con la disposición de la tipología del suelo en función del porcentaje de arcilla, limo y arena (Figura 1.5).
Figure 1.5: Vista de la pestaña Diagrama ternario de las muestras de suelo. Cada punto representa una muestra de suelo
1.2.4 Especie focal
En la pestaña Especie focal, se pueden observar dos subpestañas con información de diferentes clases:
- Biometría de la especie focal
- Floración / Fructificación
En el apartado de Biometría de la especie focal, se muestra en la parte superior un gráfico con la distribución del diámetro mayor, menor y la altura en cm de la especie focal (Figura 1.6).
Figure 1.6: Vista de la pestaña Biometría
En la parte inferior aparece una tabla con los datos de la media, desviación estándar, error estándar de la media, máximo y mínimo de cada una de estas variables.
En la subpestaña Floración / Fructificación, se ofrecen dos gráficos (Figura 1.7) que nos aportan información sobre el % de individuos en flor y en fruto, así como el promedio de flores y frutos de los individuos que presentan flores y frutos respectivamente. Ese gráfico es interactivo.
Figure 1.7: Vista de la pestaña Floración / Fructificación.
1.2.5 Herbivoria
En la pestaña Herbivoría se muestra la información calculada sobre los individuos de dos formas diferentes, en formato tabla y en formato gráfico ((Figuras 1.8 y 1.9). En ambos casos se muestran para cada individuo el % de hojas dañadas así como el daño medio (en %) y su desviación estándar y el error estándar. Esa información también se puede visualizar como gráfico interactivo.
Figure 1.8: Vista de la tabla de Herbivoría
Figure 1.9: Vista de la gráfica interactiva de Herbivoría
1.2.6 Vecindad
Usando los datos de las especies vecinas en los plots circulares de 50 cm de diámetro se obtienen diferentes métricas que se muestran en esta pestaña.
Figure 1.10: Vista de la gráfica pestaña de Vecindad
En la parte superior izquierda se visualizan la abundancia media de vecinos (junto al error estándar) y el mínimo y máximo numero de vecinos dentro de cada plot circular. Mientras que en la parte superior derecha se muestra el número promedio de especies encontradas en cada plot (y el mínimo y el máximo). En la parte inferior, en el gráfico, se muestra la abundancia media para cada especie.
1.2.7 Comunidad
En la última pestaña, se muestran datos de la Comunidad, así como algunas métricas derivadas de la misma.
Figure 1.11: Vista de la pestaña Comunidad
En la parte superior izquierda se visualizan la riqueza de especies, la diversidad (medida con el índice de Shannon) y la equitatividad (medida con el índice de Pielou). En la parte inferior se muestran, en un gráfico interactivo, todas las especies observadas y la cobertura para cada una de ellas.
1.3 Generación de informes
En la parte inferior izquierda de la pantalla general, aparece una opción llamada Generar
Informe ((Figura 1.1). Al cliquear este botón se genera un informe en formato .docx con toda la información generada por la aplicación: cálculos, gráficos,
etc.
Figure 1.12: Vista del botón Generar Informe